มนตรี ยอดปัญญา ถึงแก่อสัญกรรมด้วยภาวะหัวใจล้มเหลวและติดเชื้อในกระแสโลหิต เมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน 2554 สิริอายุ 61 ปี วันที่ 30 เมษายน 2555 เวลา 15.07 น. พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ขณะทรงดำรงพระราชอิสริยยศสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินแทนพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ไปในการพระราชทานเพลิงศพ นายมนตรี ยอดปัญญา ณ วัดเทพศิรินทราวาส[4]